Nella parte piu interrata del piano inferiore della chiesa era allocato il cimitero, utilizzato per le tumulazioni nelle Chiese, come noto, fino al periodo della rivoluzione francese che decretò, in tutta europa, il divieto di tumulazioni nelle chiese. Risale a tale periodo l’istituzione, a Putignano, prima di un cimitero fuori le mura presso la cappella del Purgatorio, nel “basso”, (presto dismesso per i frequenti allagamenti cui era soggetto il sito) poi nell’odierno sito sulla via per Castellana Grotte

Il cimitero al di sotto della chiesa di San Domenico è rimasto comunque immodificato fino al primo decennio del 2000, quando sono stati estratti e trasferiti nella fossa comune i resti ancora sparsi. Detto cimitero si componeva di piu stanze, alcune con accesso da una botola ancora visibile all’ingresso della Chiesa ed altri vani con accesso da botole intarsiate presenti in Chiesa. Tali suddivisioni, come si evince dalle scritte ancora oggi visibili si riferiscono a privilegi di sepoltura, anticamente diffusi tra le famiglie piu benestanti, oggetto di dazione all’autorità religiosa proprietaria della Chiesa e, nel caso specifico di Putignano di un contenzioso con il Clero della Chiesa di San Pietro per la ripartizione di tali dazioni